Nghị định 359/2025/NĐ-CP: Sửa đổi Nghị định 181/2025 về thuế giá trị gia tăng mới nhất

Nghị định 359/2025/NĐ-CP chính thức được ban hành để sửa đổi, bổ sung một số điều của Nghị định 181/2025 về thuế giá trị gia tăng. Văn bản này tập trung điều chỉnh danh mục hàng hóa được giảm thuế và chuẩn hóa quy trình kê khai nhằm tháo gỡ vướng mắc cho doanh nghiệp. Việc cập nhật kịp thời các thay đổi này giúp đơn vị hạn chế sai sót trong việc xuất hóa đơn và quyết toán thuế. Bạn hãy cùng Accpro điểm qua những điểm mới quan trọng nhất ngay dưới đây.

Nghị định 359/2025/NĐ-CP là gì?

Nghị định 359/2025/NĐ-CP là văn bản sửa đổi, bổ sung một số điều của Nghị định 181/2025/NĐ-CP về thuế giá trị gia tăng (GTGT). Nghị định tập trung điều chỉnh các quy định về hoàn thuế, khấu trừ thuế và xác định đối tượng không chịu thuế, đặc biệt đối với hàng nông sản.

Sửa đổi nghị định nào, hiệu lực từ khi nào?

Nghị định 359/2025/NĐ-CP được Chính phủ ban hành để sửa đổi, bổ sung một số điều của Nghị định 181/2025/NĐ-CP. Văn bản này chính thức có hiệu lực thi hành kể từ ngày 01/01/2026.

Nội dung sửa đổi chính gồm những gì?

Nghị định 359/2025/NĐ-CP sửa đổi Nghị định 181/2025/NĐ-CP, tập trung vào việc tháo gỡ khó khăn về hoàn thuế GTGT, làm rõ đối tượng không chịu thuế, và điều chỉnh quy định thuế với nông sản. Các nội dung chính bao gồm bãi bỏ điều kiện người bán kê khai nộp thuế và bổ sung quy định cho nông sản chưa chế biến. Các nội dung sửa đổi chính:

Tháo gỡ hoàn thuế GTGT: Bãi bỏ các điều kiện ràng buộc khắt khe liên quan đến người bán.
Điều chỉnh thuế đối với nông sản: Quy định cụ thể về thuế GTGT đối với nhóm hàng nông sản chưa qua chế biến, áp dụng các phương pháp thuế khác nhau cho từng loại giao dịch từ năm 2026.
Làm rõ đối tượng không chịu thuế: Sửa đổi và làm rõ danh mục các loại hàng hóa, dịch vụ thuộc diện không chịu thuế GTGT nhằm giảm tranh chấp giữa doanh nghiệp và cơ quan thuế.
Bổ sung, sửa đổi quy định tại NĐ 181/2025/NĐ-CP: Nghị định 359/2025/NĐ-CP là văn bản sửa đổi trực tiếp các hướng dẫn của Luật Thuế GTGT liên quan đến quản lý hóa đơn, đối tượng chịu thuế.

Điểm mới so với Nghị định 181/2025 (Lập bảng so sánh)

Việc chuyển đổi sang quy định mới tập trung vào mục tiêu cắt giảm thủ tục xác minh trung gian, giúp doanh nghiệp chủ động hơn trong quản lý dòng tiền và hoàn thuế.

Tiêu chí	Quy định cũ (Nghị định 181/2025)	Quy định mới (Nghị định 359/2025)
Thuế GTGT nông lâm thủy sản sơ chế	Áp dụng thuế suất hoặc thuộc diện không kê khai, tính nộp thuế tùy theo khâu kinh doanh nhưng còn nhiều vướng mắc về phân loại mặt hàng.	Làm rõ hơn các loại nông sản chưa chế biến hoặc sơ chế thông thường thuộc diện không chịu thuế GTGT ở khâu tự sản xuất, đánh bắt và khâu nhập khẩu.
Điều kiện hoàn thuế GTGT	Ràng buộc trách nhiệm của người mua với việc kê khai, nộp thuế của người bán. Nếu người bán chưa nộp thuế, người mua khó được hoàn.	Bãi bỏ điều kiện “người bán đã kê khai, nộp thuế” để giải quyết hoàn thuế cho người mua. Chỉ cần người mua có hóa đơn hợp pháp và chứng từ thanh toán không dùng tiền mặt.
Điều khoản chuyển tiếp hoàn thuế	Chưa có quy định cụ thể cho việc xử lý các hồ sơ tồn đọng khi thay đổi luật.	Quy định rõ việc áp dụng điều kiện hoàn thuế mới cho cả những hồ sơ đang trong quá trình giải quyết hoặc kiểm tra tại thời điểm Nghị định có hiệu lực.
Hồ sơ hoàn thuế nộp trước 01/01/2026	Thực hiện theo các quy định khắt khe của Luật Thuế GTGT cũ và Nghị định 181 (nếu đã nộp).	Nếu hồ sơ nộp trước 01/01/2026 nhưng cơ quan thuế chưa ban hành quyết định hoàn thuế, thì được áp dụng các điều kiện ưu đãi mới (như bãi bỏ điều kiện ràng buộc người bán) tại NĐ 359.

Quy định mới về thuế GTGT với nông lâm thủy sản sơ chế

Sự thay đổi này giúp đơn giản hóa việc hạch toán và xuất hóa đơn cho các đơn vị kinh doanh thương mại mặt hàng nông sản.

Bán cho doanh nghiệp, HTX khác: Không phải kê khai, tính nộp thuế GTGT

Đây là quy định áp dụng cho khâu kinh doanh thương mại giữa các thực thể kinh tế có mã số thuế.

Đối tượng áp dụng: Doanh nghiệp, hợp tác xã nộp thuế theo phương pháp khấu trừ bán sản phẩm nông, lâm, thủy sản chưa chế biến thành các sản phẩm khác hoặc mới chỉ qua sơ chế thông thường.
Cách thức thực hiện: Trên hóa đơn GTGT, dòng thuế suất và tiền thuế được gạch chéo. Bên bán không phải nộp thuế đầu ra, bên mua không được khấu trừ thuế đầu vào nhưng cũng không bị chiếm dụng vốn thuế ở khâu này.

Bán cho hộ, cá nhân và tổ chức khác: Chịu thuế suất 5%

Trường hợp khách hàng không phải là pháp nhân doanh nghiệp hoặc hợp tác xã (như cá nhân tiêu dùng, hộ kinh doanh, hoặc các tổ chức không kinh doanh), quy định thuế sẽ khác:

Mức thuế: Bên bán phải kê khai và nộp thuế GTGT với thuế suất 5%.
Mục đích: Đảm bảo việc thu thuế được thực hiện tại khâu tiêu dùng cuối cùng trong chuỗi cung ứng.

Nộp thuế theo phương pháp trực tiếp: Tính 1% trên doanh thu

Đối với các đơn vị (bao gồm cả doanh nghiệp và hộ kinh doanh) không áp dụng phương pháp khấu trừ mà nộp thuế theo phương pháp trực tiếp:

Cách tính: Số thuế GTGT phải nộp = Doanh thu x 1%.
Phạm vi: Áp dụng thống nhất cho hoạt động kinh doanh thương mại nông sản sơ chế, không phân biệt đối tượng mua hàng là ai.

“Sơ chế thông thường” được hiểu như thế nào?

Để tránh nhầm lẫn với hàng hóa đã qua chế biến (thường chịu thuế 10%), pháp luật quy định “sơ chế thông thường” là các hoạt động chỉ mới dừng lại ở việc làm sạch và bảo quản:

Các hoạt động bao gồm: Làm sạch, phơi, sấy khô, bóc vỏ, xay bỏ vỏ, xát hạt, băm, chặt, thái, hạt nảy mầm, bảo quản lạnh, ướp muối và các hình thức bảo quản thông thường khác.
Nguyên tắc cốt lõi: Sản phẩm sau sơ chế vẫn giữ nguyên đặc tính sinh học, tự nhiên ban đầu, chưa biến đổi thành sản phẩm khác hoàn toàn (như nấu chín, đóng hộp, hoặc ép thành dầu).

Bãi bỏ điều kiện hoàn thuế GTGT liên quan đến người bán

Thay đổi này giúp tách biệt trách nhiệm pháp lý giữa bên mua và bên bán, loại bỏ tình trạng bên mua bị “treo” vốn do sai phạm của đối tác cung ứng.

Điều kiện cũ doanh nghiệp phải đáp ứng để được hoàn thuế

Theo Khoản 3 Điều 37 Nghị định 181/2025/NĐ-CP. Điều kiện hoàn thuế GTGT liên quan đến người bán được xác định như sau:

Điều kiện 1: Tại thời điểm cơ sở kinh doanh nộp hồ sơ hoàn thuế, người bán đã nộp hồ sơ khai thuế GTGT theo quy định và không còn nợ tiền thuế GTGT của kỳ tính thuế tương ứng với kỳ tính thuế thuộc kỳ hoàn thuế của cơ sở kinh doanh đề nghị hoàn thuế.
Điều kiện 2: Cơ quan quản lý thuế tại thời điểm cơ sở kinh doanh nộp hồ sơ hoàn thuế trên cơ sở kết quả xử lý của hệ thống công nghệ thông tin tự động để xác định người bán đã kê khai, nộp thuế GTGT theo quy định.
Điều kiện 3: Trường hợp xác định người bán chưa nộp đầy đủ hồ sơ khai thuế GTGT của kỳ tính thuế tương ứng với kỳ tính thuế thuộc kỳ hoàn thuế của cơ sở kinh doanhhoặc còn nợ tiền thuế GTGT của kỳ tính thuế tương ứng với kỳ tính thuế thuộc kỳ hoàn thuế thì cơ sở kinh doanh không được hoàn thuế đối với các hóa đơn tương ứng với kỳ tính thuế người bán chưa nộp đầy đủ hồ sơ khai thuế GTGT hoặc còn nợ tiền thuế GTGT.

Nghị định 359/2025 bãi bỏ điều gì và tác động ra sao?

Nghị định 359/2025/NĐ-CP chính thức bãi bỏ yêu cầu phải có kết quả xác minh việc nộp thuế của bên bán như một điều kiện bắt buộc để giải quyết hoàn thuế cho bên mua. Tác động tích cực đối với doanh nghiệp:

Rút ngắn thời gian hoàn thuế: Cơ quan thuế tập trung kiểm tra tính hợp lệ của hóa đơn và chứng từ thanh toán không dùng tiền mặt thay vì đi sâu vào tình trạng thuế của đối tác cung ứng.
Giảm rủi ro pháp lý: Doanh nghiệp không còn phải chịu trách nhiệm thay cho hành vi vi phạm pháp luật của nhà cung cấp, miễn là giao dịch mua bán là có thật và minh bạch.
Khơi thông dòng vốn: Việc nhận tiền hoàn thuế đúng hạn giúp doanh nghiệp tái đầu tư vào sản xuất kinh doanh, đặc biệt là các đơn vị xuất khẩu có số tiền thuế được hoàn lớn.

Hồ sơ hoàn thuế nộp trước 01/01/2026 chưa có quyết định được xử lý thế nào?

Đây là quy định mang tính chuyển tiếp rất có lợi cho doanh nghiệp đang có hồ sơ bị tồn đọng:

Áp dụng quy định mới: Tất cả các hồ sơ hoàn thuế đã nộp cho cơ quan thuế trước ngày 01/01/2026, nếu đến thời điểm này vẫn chưa có Quyết định hoàn thuế, sẽ được xử lý theo quy định nới lỏng của Nghị định 359/2025.
Giải phóng hồ sơ “treo”: Những hồ sơ trước đây bị tạm dừng do chờ xác minh người bán sẽ được cơ quan thuế xem xét giải quyết ngay nếu các yếu tố khác (hóa đơn, chứng từ thanh toán qua ngân hàng) đã đầy đủ và hợp lệ.

Doanh nghiệp cần làm gì từ ngày 01/01/2026?

Việc chuẩn bị kỹ lưỡng giúp doanh nghiệp tận dụng tối đa các ưu đãi mới, đồng thời hạn chế sai sót trong khâu xuất hóa đơn và kê khai.

Bước 1: Xác định trường hợp áp dụng của doanh nghiệp

Doanh nghiệp cần rà soát lại danh mục hàng hóa và loại hình đối tác thường xuyên giao dịch.

Phân loại hàng hóa: Xác định các mặt hàng đang kinh doanh có thuộc nhóm “nông sản sơ chế thông thường” hay không.
Phân loại đối tác: Lập danh sách khách hàng là Doanh nghiệp/HTX (để áp dụng không kê khai thuế) và khách hàng là Cá nhân/Hộ kinh doanh (để áp dụng thuế suất 5%).

Bước 2: Điều chỉnh cách lập hóa đơn và kê khai thuế GTGT

Từ thời điểm 01/01/2026, bộ phận kế toán cần cập nhật ngay quy trình trên phần mềm hóa đơn điện tử:

Cấu hình phần mềm: Thiết lập thêm các tùy chọn thuế suất phù hợp với quy định mới của Nghị định 359.
Kiểm tra hóa đơn đầu ra: Đảm bảo khi bán nông sản sơ chế cho doanh nghiệp khác, hóa đơn phải được gạch chéo dòng thuế suất và tiền thuế theo đúng hướng dẫn. Điều này giúp bên bán tránh bị truy thu và bên mua không gặp rắc rối khi quyết toán.

Bước 3: Rà soát hồ sơ hoàn thuế đang chờ xử lý

Đây là bước quan trọng để giải phóng dòng vốn đang bị ứ đọng:

Đối với hồ sơ đang “treo”: Doanh nghiệp cần rà soát các hồ sơ hoàn thuế đã nộp nhưng chưa có quyết định chính thức.
Cập nhật quy định mới: Liên hệ với cơ quan thuế quản lý trực tiếp để đề nghị áp dụng quy định tại Nghị định 359 (bãi bỏ điều kiện xác minh người bán) nhằm đẩy nhanh tiến độ nhận tiền hoàn thuế.

Bước 4: Lưu trữ đầy đủ chứng từ phục vụ thanh tra, kiểm tra

Dù điều kiện hoàn thuế đã nới lỏng, nhưng công tác hậu kiểm sẽ tập trung rất kỹ vào tính thực tế của giao dịch:

Chứng từ thanh toán: Tuyệt đối lưu trữ đầy đủ ủy nhiệm chi, lệnh chuyển tiền ngân hàng cho tất cả hóa đơn từ 20 triệu đồng trở lên.
Hồ sơ giao nhận: Lưu trữ biên bản bàn giao, phiếu xuất kho, hợp đồng kinh tế và các chứng từ vận chuyển.
Minh bạch số liệu: Đảm bảo sổ sách kế toán khớp với dữ liệu trên hóa đơn điện tử để sẵn sàng giải trình khi có đoàn thanh tra.

Câu hỏi thường gặp về Nghị định 359/2025/NĐ-CP

Việc nắm rõ các mốc thời gian và quy tắc tính thuế sẽ giúp kế toán thực hiện kê khai chính xác, tránh các sai sót dẫn đến bị phạt hành chính.

Nghị định 359/2025 có hiệu lực từ ngày nào?

Nghị định 359/2025/NĐ-CP chính thức có hiệu lực thi hành từ ngày 01/01/2026.

Về hóa đơn: Các hóa đơn lập từ ngày này phải tuân thủ cách phân loại thuế suất mới.
Về kê khai: Áp dụng cho kỳ tính thuế tháng 01/2026 hoặc quý I/2026 trở đi.
Về hoàn thuế: Các quy định mới về bãi bỏ điều kiện xác minh người bán sẽ được áp dụng ngay cho cả những hồ sơ đang trong quá trình giải quyết tại thời điểm này.

Bán nông sản sơ chế cho HTX khác có phải kê khai thuế GTGT không?

Theo quy định mới, khi doanh nghiệp hoặc hợp tác xã bán các mặt hàng nông, lâm, thủy sản mới qua sơ chế thông thường cho một hợp tác xã khác thì thuộc diện không phải kê khai, tính nộp thuế GTGT. Trên hóa đơn điện tử, phần thuế suất và tiền thuế sẽ được gạch chéo.

Điều kiện: Bên bán là doanh nghiệp, hợp tác xã (HTX) nộp thuế theo phương pháp khấu trừ và bên mua cũng là một doanh nghiệp hoặc HTX khác.
Cách thức thực hiện: Doanh nghiệp bán không phải kê khai, tính nộp thuế GTGT đầu ra. Trên hóa đơn điện tử, tại dòng thuế suất và tiền thuế, kế toán thực hiện gạch chéo (/).
Lưu ý: Dù không phải nộp thuế đầu ra, nhưng doanh nghiệp bán vẫn được khấu trừ thuế GTGT đầu vào liên quan đến hàng hóa này (như chi phí vận chuyển, bao bì, điện nước…).

Hồ sơ hoàn thuế nộp trước 01/01/2026 có cần bổ sung điều kiện người bán không?

Nghị định 359/2025 đã nới lỏng quy định chuyển tiếp để hỗ trợ doanh nghiệp.

Quy định mới: Đối với các hồ sơ hoàn thuế đã nộp trước ngày 01/01/2026 nhưng đến ngày này vẫn chưa có Quyết định hoàn thuế chính thức từ cơ quan thuế, thì sẽ được áp dụng quy định mới.
Tác động: Cơ quan thuế sẽ không xét đến điều kiện “xác minh người bán đã nộp thuế đủ hay chưa”. Điều này giúp các hồ sơ bị tồn đọng lâu ngày (do đối tác ở tỉnh khác chưa phản hồi xác minh) được giải quyết nhanh chóng, giúp doanh nghiệp sớm nhận được tiền hoàn.

Hộ kinh doanh bán nông sản sơ chế tính thuế GTGT theo tỷ lệ nào?

Đối với hộ kinh doanh, cá nhân kinh doanh (nộp thuế theo phương pháp trực tiếp), việc tính thuế được đơn giản hóa bằng tỷ lệ phần trăm trên doanh thu.

Tỷ lệ áp dụng: 1% trên doanh thu.
Phạm vi: Áp dụng cho hoạt động bán buôn, bán lẻ các mặt hàng nông, lâm, thủy sản mới qua sơ chế thông thường.
Ví dụ: Một hộ kinh doanh bán gạo (đã xát vỏ – sơ chế) cho khách hàng với doanh thu 100 triệu đồng, thì số thuế GTGT phải nộp là 1 triệu đồng.

Hỗ trợ tuân thủ Nghị định 359/2025 cùng ACC PRO

Việc chuyển đổi sang quy định mới thường gây ra những lúng lúng nhất định trong khâu lập chứng từ. Accpro đồng hành cùng quý doanh nghiệp qua các dịch vụ chuyên sâu:

Tư vấn rà soát hệ thống hóa đơn: Chúng tôi hỗ trợ kiểm tra cách thiết lập thuế suất trên phần mềm hóa đơn điện tử, đảm bảo phân loại đúng nhóm khách hàng để không bị truy thu thuế sau này.
Đại diện làm việc với cơ quan thuế: Đối với các hồ sơ hoàn thuế đang bị tồn đọng, Accpro sẽ hỗ trợ doanh nghiệp soạn thảo văn bản giải trình dựa trên quy định chuyển tiếp của Nghị định 359 để đẩy nhanh tiến độ hoàn thuế.
Kiểm soát rủi ro chứng từ: Hướng dẫn doanh nghiệp hoàn thiện bộ hồ sơ “sạch” (hợp đồng, phiếu kho, chứng từ thanh toán ngân hàng) để bảo vệ quyền lợi tối đa khi cơ quan thuế thực hiện hậu kiểm.

Hỗ trợ tuân thủ Nghị định 359/2025 cùng ACC PRO

Sự am hiểu sâu sắc về luật thuế và thái độ làm việc tận tâm là cam kết cốt lõi của Accpro dành cho mọi khách hàng. Chúng tôi không chỉ cung cấp dịch vụ, mà còn đóng vai trò là một người đồng hành chiến lược, giúp bạn kiểm soát rủi ro và minh bạch hóa số liệu tài chính.

Nếu bạn đang tìm kiếm một giải pháp trọn gói – từ rà soát hồ sơ, tư vấn hóa đơn đến thực hiện thủ tục hoàn thuế để yên tâm bứt phá kinh doanh từ năm 2026, hãy liên hệ với Accpro ngay hôm nay. Đội ngũ chuyên gia của chúng tôi luôn sẵn sàng lắng nghe và giải quyết mọi vướng mắc của bạn một cách nhanh chóng và hiệu quả nhất.

Công ty TNHH Tư Vấn Và Đào Tạo ACC PRO:

Công ty TNHH Tư Vấn Và Đào Tạo ACC PRO với đội ngũ nhân viên dày dặn kinh nghiệm trong ngành và được đào tạo nghiệp vụ kế toán chuyên nghiệp trong lĩnh vực kế toán thuế, quyết toán thuế doanh nghiệp, gỡ rối hồ sơ doanh nghiệp với chi phí tiết kiệm nhất.

Số Điện Thoại: 0768619462

Website: https://accprovn.com/

Facebook: https://www.facebook.com/dichvuketoantrongoichodoanhnghiep

Thuật Ngữ